Martin Kruse 1929. április 21-én született az Alsó-Szászországi Lauenbergben, és az Emslandban nőtt fel. Teológiát 1947-1953 tanult Mainz, Heidelberg, Bethel és Göttingen fakultásain. A segédlelkészség után 1955-1970 az alsó-szászországi Loccumban először az ifjúsági szociális munka tanulmányi vezetője, majd a kolostor prédikátora, végül a Pregiderseminar rektora volt. 1970–ban Stade-ben a tartományi szuperintendens (regionális püspök), 1976-ban választotta meg a Nyugat-Berlini Zsinat Kurt Scharf utódjaként az akkori Berlin-Brandenburgi Evangélikus Egyház Nyugati Régiója püspökévé. 1977-ben foglalta el hivatalát. Az újraegyesülés után Kruse 1991-94 között már az összegyház élén állt. 

Kruse hivatali idejét mindenek előtt a város megosztottsága határozta meg, de belső egyházi konfliktusok és összetűzések is. Említendő egy 1981-ban írt levele, amelyben a politikának a házfoglalások kapcsán ajánlja, ne csak a lakásproblémát oldja meg nagyvonalúan, hanem a jogrendet úgy fejlessze, hogy az alternatív életalakítási formák jogi alapot kaphassanak. Kruse, aki önmagát „különleges megbízatású lelkész”–ként nevezete, emellett országos feladatokat is felvállalt.

1979-1991 közt az EKD tanácstagja volt, 1985-től 6 éven át elnöke is. Hivatali idejére esik az egyházi újraegyesítés előkészítése a fal leomlása után. A formális újraegyesülés kelet és nyugat egyházai között 1991 júniusában az össznémet EKD zsinaton, Coburgban lépet hatályba.

Kruse vezetése alatt fogadta el az EKD a demokráciáról (1985) és a gazdaságról (1991) szóló memorandumokat. Az EVT központi bizottságának tagjaként kifejezetten aktív volt az ökumené ügyében. Nyugdíjasként Kruse, aki Berlin szenátori méltóságát is megkapta, számos feladatot vállalt. Az Evangélikus Tanulmányi Közösség Kutatóintézetének (FEST) vezetője volt Heidelbergben, és éveken keresztül alakította a Berlinben az egyházi belépő iroda munkáját. Ezen felül 1995-2005 közt az evangélikus kórházak egyesületének elnökségét, illetve felügyelő bizottságát vezette.