Az egyház gyökerei a XVI. századi svájci reformációig nyúlnak vissza, melynek atyjai a radikális egyházi megújítók, a zürichi Ulrich Zwingli (1484-1531) és a genfi Kálvin János (1509-1564) voltak.
A mai Svájci Protestáns Egyház 24 református kantonegyház, a protestáns-metodista egyház és a Genfi Evangéliumi Szabadegyház szövetségéből áll, és több mint kétmillió tagot képvisel.