A megállapodás módosítása a bevett egyházak részére felajánlott Szja 1% vonatkozásában úgy rendelkezik, hogy azt az állami költségvetés a rendelkezők számának figyelembe vételével az Szja 1%-nak megfelelő mértékre egészíti ki a bevett egyházak javára. Ugyanakkor az adófizetők ezen belül rendelkezhetnek egy külön állami célról is, és a megállapodás e vonatkozásban is kiegészíteni rendeli a felajánlott összeget. Erre való tekintettel, továbbra is az adófizetők döntésén múlik, hogy miként alakul az egyházak ilyen jellegű állami támogatása. A megállapodás módosításából következően a kiegészítés mértéke egyoldalúan nem lesz csökkenthető.
A hitoktatói díjak vonatkozásában a 2013-as költségvetési törvény módosítása – az egyházakkal való egyeztetés alapján – már tartalmazott szabályozást, ennek megfelelően a bevett egyházak legalább 8 fős csoportlétszám esetén, heti 24 oktatott órával számolva, és teljes állású hit- és erkölcstanoktatók után részesülnek a havi 309.000 Ft támogatásban. Ez az összeg a pedagógus átlagbér alapján lett megállapítva, tartalmazza az oktatók bérének és járulékainak fedezetét is. Figyelembe véve, hogy több kisebb bevett egyház hit- és erkölcstan csoportjai országos átlagban sem érik el a 8 főt, a költségvetés 100 millió Ft-os külön keretet is biztosított ezek kompenzálására. Az egyházak a támogatást bértömegként kapják meg, és ezt követően osztják szét a hit- és erkölcstan oktatók között, illetve fizetik be utánuk a járulékokat. A teljes támogatási összeget a hit- és erkölcstan oktatás biztosítására kell felhasználni, ennek a lebontása az egyház feladata.  Egy felmenő rendszerű és újszerű oktatási formáról van szó, melynek kialakítását az egyházakkal való szoros együttműködés előzte meg.
Az egyházi gyűjtemények a kulturális örökség szempontjából kiemelkedően fontosak, ezért a 2014. évi költségvetési törvényjavaslat a támogatás növekedését valamennyi bevett egyházi gyűjtemény részére arányosan biztosítja.
A felsőoktatási intézmények 2014. évi költségvetésének tervezése még nem zárulhat le a jövő évi költségvetési törvényjavaslat elfogadásáig. Mivel a megállapodás módosítása csak a világi képzés után járó támogatási összegek egy bizonyos szintre való kiegészítését tartalmazza, jelen állapotban nem mondható meg, hogy mennyi lesz az egyházi fenntartású felsőoktatási intézmények támogatása.
A Kormány már 2010 decemberében megkötött egy olyan megállapodást a Magyar Katolikus Püspöki Konferenciával, amely – a többi ingatlanjáradékban részesülő egyházhoz hasonlóan – kiegészítő ingatlanjáradékot biztosít a katolikus egyház részére. Ez kerül rögzítésre a szentszéki megállapodás módosításában, ez többlet költségvetési kötelezettségvállalást a korábbiakhoz képest nem jelent.