A mindössze 27 éve független ország történelme szorosan összefonódott mind a helyi evangélikus egyházak, mind az LVSZ történetével. A 2,4 millió lakosú ország közel 90%-a keresztény, közülük 50% lutheránus. Namíbiában jelenleg három evangélikus egyház működik, ezek történetileg különböző hátterűek, de mindegyik tagja az LVSZ-nek.
A legnagyobb lélekszámú egyház a Namíbiai Evangélikus Egyház, amely a Finn Missziói Társaság munkájának nyomán jött létre. Főként az ország északi részén aktív, jelenleg 650 ezer tagja van.
A második legnépesebb egyház (350 ezer taggal) a Namíbiai Köztársaság Evangélikus Egyháza nevet viselő, a Rajnai Missziói Társaság által létrehozott, gyülekezetekből alakult egyház, amely elsősorban az ország középső és déli vidékein van erősen jelen.
A Namíbiai Németajkú Evangélikus Egyház a legkisebb egyházszervezet a három közül. 5200 tagot számlál, és a Német Evangélikus Egyháznak, valamint a Rajnai Missziói Társaságnak a Namíbiában élő német lakosság körében végzett szolgálatából nőtte ki magát.
A történelmi és kegyességi hátterek különbözősége miatt a három egyház szervezeti egyesítése mind ez ideig nem sikerült, de a közeledés egyik fontos mérföldköveként a 2007-ben létrejött Namíbiai Evangélikus Egyházak Egyesített Tanácsa, amelyben mindhárom egyház képviselteti magát. A LVSZ 12. nagygyűlése is a három egyház közös szervezésében valósult meg.
A helyi egyházaknak nem csak a történeti gyökerek, hanem a függetlenséghez vezető út szempontjából is fontos szerepük volt. Bár a II. világháború után a posztkoloniális országokban világszerte jellemző volt, hogy az országok függetlenedésével párhuzamosan az egyházak is leváltak az őket létrehozó missziói társaságoktól, Namíbiában a két folyamat nem haladt egy ütemben. Az egyházak függetlenedtek ugyan, de maga a terület Délnyugat-Afrika néven továbbra is dél-afrikai fennhatóság alá tartozott.
A dél-afrikai fennhatóság magával hozta az apartheid rendszert is, nagy szenvedést okozva ezzel a helyi fekete lakosságnak. A hátrányos megkülönböztetés időszakában az egyházak jelentették az egyetlen esélyt az itt élő feketék számára, hiszen többek között az oktatáshoz való jogukat sem garantálták. A Lutheránus Világszövetség éppen ezért azzal is hozzájárult az ország fejlődéséhez, hogy 1967 és 2015 között összesen 86 ösztöndíjasnak adott lehetőséget külföldi tanulmányokra. Rajtuk kívül közel száz namíbiai tanulhatott az Egyesült Államokban az ottani evangélikus egyház támogatásával. Az ösztöndíjasok közül szinte mindenki visszatért hazájába és felelős pozícióba került.
Az egyházak közreműködése a függetlenedési folyamatban azonban ennél konkrétabb formában is megnyilvánult. 1971-ben született meg az úgynevezett Nyílt Levél (Open Letter), melyben az egyházvezetők megfogalmazták, hogy az apartheid uralom méltánytalan helyzetet teremt és sérti a nemzetközi ENSZ határozatokat. Felszólították Dél-Afrikát, hogy tartsa tiszteletben az emberi jogokat és tegyen azért, hogy a terület függetlenedhessen.
Ez az egyértelmű politikai állásfoglalás nem maradt következmények nélkül. A következő években az egyházak támadásoknak voltak kitéve: gyakoriak voltak a letartóztatások és a kínzások, a Namíbiai Evangélikus Egyház nyomdáját egymás után kétszer is felrobbantották, az Egyházak Tanácsának windhoeki központját pedig egy ízben felgyújtották.
Idővel nemzetközi színtéren is egyre nyilvánvalóbbá vált az apartheid rendszer igazságtalansága. A helyzet éppen az 1984-es budapesti LVSZ nagygyűlésen kulminálódott, amikor határozattal felfüggesztették nem csak a dél-afrikai fehér egyházak, de a délnyugat-afrikai (azaz a későbbi namíbiai) német evangélikus egyház LVSZ tagságát is, mivel jóváhagyták a rendszer fajellenességét és nem léptek fel a faji alapú megosztottság ellen. Az egyházak tagságának felfüggesztése 1991-ig volt érvényben.
A 70-es évek második felétől egyre nagyobb lendületet kapott a függetlenségért vívott, áldozatoktól sem mentes küzdelem. Ebben az egyházaknak és az LVSZ-nek is jelentős része volt. Az ENSZ-szel és a függetlenségi mozgalom képviselőivel – akik közül egyébként sokan egyházi munkások vagy evangélikus lelkészek voltak – együttműködve komoly munka folyt az időközben menekültté vált népcsoportok körében, majd később a menekültek visszatelepítésének koordinálása kapcsán. Az átmenet évében (1989-1990) pedig a választások előkészítésén kívül ahhoz is kellett az egyházak segítsége, hogy a helyi lakosság az ENSZ által odaküldött erőkre ne ellenségként és megszállóként, hanem partnerként tekintsen.
Mindezen törekvések eredményeképpen 1990. március 21-én létrejött a független Namíbia. Bár az ország napjainkban is számos kihívással küzd (melyek közül az egyenlőtlen jövedelemelosztás, a lakhatási gondok, az HIV/AIDS fertőzöttek magas száma, valamint az átütő földreform hiánya a legégetőbbek), napjainkra az ország mégis békés, stabil állammá válhatott.
Az LVSZ elköteleződése Namíbia iránt a függetlenség kihirdetésével sem ért véget. A világszervezet több ízben nyújtott humanitárius segítséget pl. aszály idején, segítette a megbékélési folyamatokat, valamint támogatta a területükről elűzött népcsoportokat életterük és megélhetésük visszaszerzésében. A nagygyűlés megrendezésével pedig a namíbiai evangélikusok és az LVSZ közössége közösen adnak hálát az eddig megtett útért.