E célból alapították a professzori iskolának nevezett „középtanodát”, amely „alapját vethette meg a magasabb, a tudományos kiképeztetésnek” és ahol a „serdültebb” ifjúságot „tiszta, józan, protestáns-szellemben” nevelik.

Az arra érdemes diákokat egy professzor tanította, aki az evangélikus teológiai akadémia vagy főiskola elvégzése mellett pedagógiai alapismeretekkel is rendelkezett. Az ő feladata volt, hogy egy-egy tanévben a négy egymásra épülő évfolyamban 35–43 diákot osztatlan formában, egy tanteremben tanítson. Nagy óraszámban sajátították el a latint, és cél volt a magasabb általános műveltség megszerzése is. Ezek birtokában tölthettek be később vezető értelmiségi tisztséget a városban. A második év végén a kiemelkedően tehetséges tanulók felvételt nyertek a felvidéki evangélikus kollégiumokba is.

A professzori iskola épületének alapkövét 1807-ben tették le, a ház az egyházközség tagjainak áldozatkészségéből épült fel, Sexty András mérnök tervei alapján. Az iskola egykori épülete látható azon az emléktáblán, amelyet 2003-ban lepleztek le a Luther-ház falán.

Egy 1849-ben megjelent osztrák rendelet, amelynek hatályát 1851-ben hazánk iskoláira is kiterjesztették, megszüntette azokat az elemi foknál magasabb iskolákat, amelyekben több évfolyam tanulóit összevontan, egyetlen osztályteremben egyazon pedagógus tanítja. Így a professzori iskolában 1852-ben már nem indítottak első évfolyamot, és 1854-ben a vezető professzor alkalmazását is megszüntették. Az algimnázium megnyitásáig, 1861-ig „fakultatív” keretek között azonban tovább folyt az oktatás.