Olykor kormánykritikát is megfogalmazott, ám, mint mondja, nem azért pályázta meg a Petőfi Irodalmi Múzeum igazgatói székét, mert elege lenne a politikából. Szerinte azokon a harcos vitákon, amelyek 1999-ben még jellemzőek voltak az irodalmi életre, túl vagyunk. „Sokáig a múzeumhoz tartozó Digitális Akadémiáról is azt gondolták, hogy liberális zárvány – mondja Prőhle Gergely. – Nem az a célom, hogy a múzeumból bárkit eltanácsoljak, hanem hogy azok is jól érezzék ott magukat, akik eddig esetleg kevésbé.” A politika persze nem tűnt el teljesen, ott volt például a Nyírő-vita. Prőhle Wass Albert-kiállítást is tervez, „nem félős típus”.

A migránsválságról szólva elmondja: az aktuálpolitikai hírek túlsúlya miatt a német értelmiségi közvélekedés szerint ma Magyarország gonosz hely. S mivel a német a magyar irodalom elsődleges közvetítő nyelve, ezzel a jelenséggel foglalkoznunk kell. „Persze mindannyian tudjuk, hogy Magyarország nem gonosz hely, és ezt a kulturális életünkön keresztül képesek is vagyunk bemutatni.”