A Határnyitás '89 - egyházi és politikai szemmel című pódiumbeszélgetésen Balog Zoltán arról beszélt, hogy a megbocsátás kultúrája ma még hiányzik Magyarországon. 

A miniszter kitért arra is, hogy a kormányzatnak „nincs joga az egyházak működését kommentálni, azoknak feladatokat adni". 

Fabiny Tamás evangélikus püspök arról beszélt, hogy a magyar egyházak 1989 után, a „negyvenéves kalitkából kiszabadulva" nehezen találtak magukra, és nem mindenben váltak valóra a maguk, illetve a társadalom megújításához fűződő remények. Joachim Gauck német államfőnek, teológus-lelkésznek nemrégiben a Luther Kiadó gondozásában megjelent memoárkötetére utalva megjegyezte: a rendszerváltás Magyarországon az egyházakat a keletnémeteknél sokkal felkészületlenebbül érte. 

Erre reagálva Balog Zoltán kiemelte: az NDK-val ellentétben az egyházak Magyarországon nem járultak tevőlegesen hozzá a demokratikus átalakuláshoz. A magyarok között is voltak azonban, akik vállalták ezt a feladatot - mondta, példaként említve, hogy amit Tőkés László Temesváron református lelkészként tett 1988 márciusától decemberéig, majd utána, azzal „megmentette Erdélyben a reformátusok becsületét". 

Beszélt arról is, hogy a rendszerváltás után hiányolta az egyházak megszólalását olyan ügyekben, mint a vasárnap megszentelése, azaz, hogy kiálljanak az emberek heti egy pihenőnapjához való joga mellett. Ebben az ügyben szerinte az első Fidesz-kormány rossz döntést hozott azokra a statisztikákra alapozva, amelyek szerint a magyar társadalom 80 százaléka úgy gondolta: alapvető emberi jog, hogy vasárnap is lehessen vásárolni.

Fabiny Tamás ehhez kapcsolódva azt mondta: bizonyos esetekben a Fidesz-kormány az elmúlt időszakban „annyira jót akart a történelmi egyházaknak, hogy megmondta: mi a jó nekik". 

Balog Zoltán felhívta a figyelmet arra: az egyházügyi törvényben olyan, az egyházak számára fontos szempontok érvényesülnek, mint a teljes vallásszabadság, a szertartásvédelem, az adókedvezmények. A jogszabály módosításával azt is deklarálták, hogy az államnak nincs joga megmondani, melyik szervezet nevezheti magát egyháznak - mondta. Hangsúlyozta ugyanakkor: az viszont az államnak nemcsak joga, hanem kötelessége is, hogy meghatározza azon partnerek körét, akikkel a történelmi tapasztalatok alapján együtt tud működni a köz szolgálatában, mert elfogadhatatlan az az "automatizmus", mely alapján Magyarország „világrekorder volt" a több mint 300 bejegyzett egyházzal.

Az ügynökkérdésről szólva beszélgetőtársa felvetésével egyetértve a miniszter kifejtette: ugyanúgy szükség lenne a szembenézésre az elkövetett hibákkal, mint a bűnösként megbélyegzettek feloldozására. "Azt a munkát, amelyet eddig nem végeztünk el, egyszer el kell végeznünk. A tanulságokat le kell vonnunk ahhoz, hogy megtudjuk: diktatúrában vagy polgári demokráciában hogyan lehet ellenállni, nemet mondani, mert a be nem vallott múlt visszajön és kísért" - hangsúlyozta Balog Zoltán.