Az egyházak, felekezetek áldásos működése 1949-ig folyamatos volt a magyarországi börtönökben, amíg az akkori igazságügyi miniszter a börtönlelkészek tevékenységét meg nem szüntette. A magyar büntetés-végrehajtás egyes intézeteibe 1989-től, általánosan azonban a rendszerváltozás után, 1990-től léphettek be ismét egyházi szolgálat végzése céljából az egyházak és különféle felekezetek képviselői, valamint a missziós és karitatív szervezetek tagjai.
A magyar büntetés-végrehajtási szervezet a fogvatartottak vallásgyakorlására számos lehetőséget biztosít: évek óta megrendezett fogvatartotti programokkal, országos bibliavetélkedővel, imanapokkal, szentmisékkel, csoportfoglalkozásokkal, zenés és családi istentiszteletekkel, sikeresen adaptált nemzetközi kezdeményezésekkel, mint a börtöncursillo vagy a már három büntetés-végrehajtási intézetben működő APAC-részlegek kialakításával segítik a fogvatartottak lelki egyensúlyát, annak fejlődését.
A cursillo módszere a fogvatartottak eredményes reintegrációjához szervesen illeszkedik. A mozgalom alulról szerveződő, a társadalom keresztényeit közelebb hozó kezdeményezés, amely építően szolgálja a társadalom érzékenyítését, a család összetartását és az egyén aktivizálását abban, hogy hasznos tagjává váljék a közösségnek. A lelkigyakorlat elvégzői a tapasztalatok alapján nem válnak visszaesővé, sokan a szabadulás után a civil cursillós közösségek segítségével munkát találnak, és visszatalálnak a társadalomba, illetve nemcsak közvetlen lakóhelyükön, hanem más környezetben is képesek beilleszkedésre.
APAC (Association for the Protection and Assistance of the Condemned, magyarul: Szövetség az Elítéltek Védelmére és Támogatására) típusú részlegeket a Váci Fegyház és Börtön, a Pálhalmai Országos Büntetés-végrehajtási Intézet (női fogvatartottak részére) és a Tiszalöki Országos Büntetés-végrehajtási Intézet működtet. E részlegekben – melyekben a vallásgyakorlás és a családi kapcsolattartás erősítése a fő cél – intenzív egyéni és közösségi lelkigondozást biztosítanak az intézetek az egyházakkal, civil szervezetekkel és vallási közösségekkel való együttműködés keretében.