1483. november 10-én született a szász-anhalti Eislebenben Hans Luder kohómester fiaként. Az erfurti egyetem bölcsészkarán szerzett magiszteri címet, majd 1505-ben jogi tanulmányokat kezdett. Az év júliusában hazafelé majdnem agyonütötte egy villám, megfogadta, hogy ha életben marad, szerzetes lesz. Két héttel később belépett az erfurti Ágoston-rendi remeték közé, 1507-ben szentelték pappá. A következő évben az éppen alakuló wittenbergi egyetemre került, ahol 1509-ben baccalaureus fokozatot szerzett bibliai tanulmányokból, és maga is oktatni kezdett.

1510-ben Rómába utazott, kiábrándították a katolikus világ központjában uralkodó állapotok, a nepotizmus és a hozzá nem értés. 1512-ben a teológia doktora lett, vikáriusként tizenegy kolostort is felügyelt, s prédikált a wittenbergi plébániatemplomban. A Biblia tanulmányozása közben egyre erősödtek kétségei: nem tudta összeegyeztetni a Szentírást a skolasztikus teológiával, megragadták Pál apostol szavai, hogy a bűnös nem tettei alapján, hanem Isten kegyelméből és hite szerint igazul meg. Később azt mondta, 1513-ban a dolgozószobájában érte a megvilágosodás, hogy "csakis a hit, csakis a kegyelem, csakis az írás által" lehetséges az üdvözülés. Úgy látta, hogy az egyház eltávolodott a Bibliától, amikor magát Isten kegyelmének egyedüli közvetítőjeként tüntette fel, egyre gyakrabban emelt szót a búcsúcédulákkal való üzletelés ellen, amelyek gépies bűnbocsánatot biztosítottak megvásárlóiknak.

1517. október 31-én küldte el Albert mainzi érseknek a búcsúcédulák erejét és hatékonyságát kétségbe vonó, 95 pontban megfogalmazott vitairatát. Ma már vitatják, hogy tételeit kiszögezte a wittenbergi vártemplom kapujára - ennek nem is lett volna sok értelme, mert a köznép nem értett latinul, és németül sem tudott olvasni -, s ezt a dátumot tekintik azóta a reformáció kezdetének. Tételeit, amelyek nem a katolikus egyház dogmáit, hanem gyakorlatát támadták, és a kereszténység belső értékeit hangsúlyozták, hamarosan több nyelvre lefordították, és a nyomtatás révén Európa-szerte ismertté váltak.

X. Leó pápa 1518-ban bizottságot állított fel Luther állításainak kivizsgálására. A teológiai vita gyorsan politikai színezetet öltött. A pápa végül az eretnekek fölött ítélkező római Szent Inkvizíció elé idézte Luthert, ám III. (Bölcs) Frigyes szász választófejedelem közbenjárására a meghallgatást Augsburgba helyezte át. Luther itt sem volt hajlandó visszavonni tételeit, majd 1519-ben nyilvános vitát folytatott Johannes Eckkel a zsinatok és a pápák tévedhetetlenségéről. Az egyház babiloni fogságáról beszélt, a Bibliát és a lelkiismeretet fontosabbnak minősítette a pápai tekintélynél, és tagadta a mise hatását az üdvösség elnyerésében.

A pápa 1520-ban kiátkozással fenyegette meg, Luther válaszul elégette az Exsurge Domine című pápai bullát. X. Leó 1521 januárjában ki is átkozta Luthert, akit V. Károly német-római császár eretnekként idézett a wormsi birodalmi gyűlés elé, ahol a reformátor Bölcs Frigyes menlevelével meg is jelent. Itt is kitartott álláspontja mellett, mint mondta: "Ha nem győznek meg a Szentírás és a józan ész alapján, nem fogadom el a pápák és zsinatok tekintélyét, mert ezek ellentmondanak egymásnak." Beszédét állítólag az "Itt állok, másként nem tehetek!" szavakkal fejezte be, de ma már sokan ezt is kétségbe vonják. A császár 1521. április 19-én kelt ediktumában birodalmi átokkal sújtotta Luthert, akit bárki büntetlenül megölhetett, műveit pedig betiltották. Életét az mentette meg, hogy Bölcs Frigyes a gyűlésről hazafelé tartva, színleg elraboltatta, és Wartburg várába vitette.

A hitújító tíz hónap alatt elkészítette az Újszövetség német fordítását, majd 1534-re a teljes Ószövetséget is átültette anyanyelvére, megteremtve a német irodalmi nyelvet. 1525-ben feleségül vett egy volt apácát, aki hat gyermeket szült neki. Luther a hét katolikus szentségből csak kettőt (a keresztséget és az úrvacsorát) ismert el, elutasította a cölibátust, követelte a kolostorok feloszlatását és a német nyelvű misézést. Kiadta Kis és Nagy Katekizmusát, kidolgozta a liturgiai és istentiszteleti rendet. Egyházát a fejedelmek oltalma alá helyezte, féltve eszméit a szélsőséges tömegmozgalmaktól. Nem volt lázadó, a német parasztháborúban is gyorsan a felsőbbség oldalára állt, helyeselte a parasztok leverését.

Az 1530-as augsburgi birodalmi gyűlésen Luther instrukciói alapján hittársa, Melanchton ismertette a rendekkel az Ágostai Hitvallást, a németországi reformáció alapdokumentumát. Luther vallási türelme egyre fogyott, élete vége felé már mind élesebben támadta a pápaságot, 1545-ben a pápát egyenesen Antikrisztusnak bélyegezte. Martin Luther 1546. február 18-án halt meg Eislebenben. Tevékenységének korszakos szerepe volt a római egyház hatalmi egyeduralmának megtörésében, hittételeivel új korszak kezdődött a kereszténység történetében. Nem akarta az egyházat szétszakítani, de úgy érezte, hogy bizonyos jelenségek ellen fel kell lépnie. Egyik fő kezdeményezője lett Európa átalakulásának, az általa kiváltott mozgalmak jóval túlnőttek elképzelésein. Tanai alapján jött létre halála után az evangélikus, Kálvin János genfi reformátor irányzatából pedig a református egyház.