A tel-avivi Ben Gurion repülőtéren tartott hivatalos izraeli fogadtatást követően helikopteren Jeruzsálembe utazott a római katolikus egyház feje, ahol elsőként Nir Barkat, a város polgármestere üdvözölte városi vezetők, a Jeruzsálemi Héber Egyetem és a Hadassza kórház elnöke, valamint arab és zsidó gyermekek kíséretében.

A pápa az óvárosban rövid megbeszélést folytatott  I. Bartolomaiosz konstantinápolyi ökumenikus pátriárkával. A vatikáni rádió jelentése szerint a két egyházfő megállapodást írt alá, melyben ígéretet tettek arra, hogy „tovább haladnak a katolikus és az ortodox egyházak egyesülésének útján”.  

Később számos keresztény egyházi vezetővel együtt a  Jézus keresztre feszítésének és sziklasírjának hagyomány szerinti helyszínén felépült Szent Sír-bazilikába mentek, ahol ökumenikus imán vettek részt. 

A katolikus és a keleti kereszténység két legfontosabb vezetője megcsókolta a templomban lévő követ, ahol a keresztre feszítés után Jézus testét kiterítették. Ferenc pápa a Szent Sírnál összegyűlteknek kijelentette, hogy „azonos a keresztények vére”. A keresztények „tragikus” megosztottsága kapcsán pedig azt hangsúlyozta, hogy „a nézeteltérések nem tántorítanak el minket és nem bénítják meg utunkat az egyesítéshez”. 

A templomi szertartás után a pátriárkák és a püspökök közös vacsorája zárja a pápai zarándoklat második napját a jeruzsálemi latin pátriárka palotájának pápai szárnyában. 

Ferenc pápa szentföldi zarándoklatának harmadik, utolsó napján hétfőn a Jeruzsálem óvárosában lévő Szikladómot tekinti meg a város főmuftijának kíséretében, majd a zsidó hagyomány szerint elhelyezi céduláját a siratófalnál. Virágot helyez el az Izraelt megálmodó Herzl Tivadar sírján, találkozik az ország két főrabbijával, valamint az állam és a kormányfővel. 

A katolikus egyházfő ismét megbeszéléseket folytat I. Bartolomaiosz konstantinápolyi pátriárkával, találkozik papokkal és papnövedékekkel, majd misét mutat be az Utolsó Vacsora termében, s végül este hazaindul Rómába.