Az Öregtemplom építésével párhuzamosan az első orgonát 1784-ben vásárolták meg a gyülekezet képviselői Bécsben. A kis méretű hangszert kezdettől fogva átmeneti megoldásnak tekintették. Ebből fakadóan hamar a lecserélése mellett döntöttek.

Müller Eberhardtné Lehner Zsuzsannának áldozatvállalása révén sikerült új orgonát vásárolni 1791-ben. Ez már jóval nagyobb méretű lehetett elődjénél, hiszen annak díszes oromzatát viseli a jelenlegi változat is. A hangszert vélhetően Elgasz Ferenc győri mester készítette.

A napóleoni háborúk idején megsérült, teljes helyreállítására csupán 1836-ban kerülhetett sor. Az ekkori felújítást Treiber Alajos János kivitelezte, és Richter Antal káptalani orgonista felügyelte. Az orgonát a templom elkészültének századik évfordulója alkalmából építtették újjá Országh Sándor pesti mesterrel. 1899-ben a hangszert tovább bővítette a pécsi Angster cég.

Az első világháborút követően meghívott Fodor Kálmán kántor komolyabb művészi ambíciókkal rendelkezett, és sürgette egy új, nagyobb orgona építését. Elképzelése megvalósításáról a gyülekezet 1925 tavaszán döntött. A nyár folyamán független szakértő segítségével készíttették el az orgona kivitelezésére vonatkozó tervezetet, s erre kértek árajánlatokat.

A kérdés végül csak a következő év elején dőlt el véglegesen, mikor az Angster vállalat új ajánlatot tett, amelynek keretében kedvezőbb árat kalkuláltak a régi orgona értékének beszámítása mellett, melyet a cég megvásárolt a gyülekezettől.

Az orgona ünnepélyes felavatására 1926. október 24-én került sor. Az új hangszer diszpozícióját Fodor Kálmán dolgozta ki Irtzing Ferenc tanítóképzői ének- és zenetanár segítségével. Az orgona ekkor hárommanuálos kialakítást kapott harminchárom regiszterrel. A hangszer művészi értéke elsősorban abból adódik, hogy a romantikus diszpozíció kialakításakor nem kapott teret az akkor már erősen terjedő neobarokk hatás.

A hangszer kisebb javításokon esett át 1943-ban és 1957-ben, majd komolyabb generálfelújítására került sor 1977-ben. Az orgona újabb jelentős beavatkozáson esett keresztül 1999 és 2000 között. A munkát a győri Jáky cég kivitelezte. Ekkor a korábbi szerkezetet teljes egészében modernizálták. Sajnos a hangszer nem sokkal az átalakítást követően igen megbízhatatlanná vált, s ezért egy újabb komolyabb beavatkozásra került sor 2006-ban, ám tartósan ez sem volt képes megoldani a felmerült problémákat.

Az épületegyüttes felújítása kapcsán az orgona teljes körű rekonstrukciója is megvalósulhatott. A munkálatokat az AerisOrgona Kft. szakemberei végezték. A célt az eredeti, 1926-os állapotok visszaállítása képezte. Bízunk abban, hogy a méltó módon megújult orgona amellett, hogy az Öregtemplom istentiszteleti alkalmain hétről hétre felcsendül, a jövőben nívós programok keretében, számos alkalommal nyújthat feledhetetlen zenei élményeket a gyülekezet tagjainak és a térség zenerajongóinak egyaránt.