A különböző törvények, intézkedések felolvasása azonban végzetessé válhatott a lelkészek számára a szabadságharc leverése után, így a Függetlenségi Nyilatkozat kihirdetéséért, amely kimondta a Habsburg-ház trónfosztását, többeknek várfogság lett a részük, felekezetüktől függetlenül.

Az 1848. március 15-i forradalom eredményeként meghozott áprilisi törvények XX. törvénycikke rendelkezett a szabad és egyenlő vallásgyakorlatról, amely az akkori bevett vallások – római katolikus, református, evangélikus és az újonnan ide emelt unitárius egyház – tagjainak lehetővé tette hitük gyakorlását. A XX. törvénycikk kilátásba helyezte az egyházi intézmények, iskolák állami támogatását is, ám ez a szabadságharc eseményei alatt nem valósult meg. Az áprilisi törvények rendelkeztek arról, hogy a megtermelt gabona tíz százalékát nem kellett a jobbágyoknak megfizetniök az egyházaknak, ugyanakkor az 1789-es francia forradalomhoz képest annyiban más volt a helyzet, hogy a szekularizáció, azaz az egyházi birtokok elvétele, továbbá az állam és az egyházak teljes szétválasztása komolyan nem merült fel a törvényhozásban.

Fontos változás volt ebben a törvénycsomagban az, hogy a főkegyúri jogot, tehát a katolikus püspökök kizárólagos kinevezési jogát ezentúl nem csak a király mondhatta magáénak, mert a vallás- és közoktatásügyi miniszternek is alá kellett írnia, ami tulajdonképpen vétójogot jelentett a király döntésével szemben. Ezzel két „gazdája” is lett az akkori katolikus püspöki karnak. A püspöki kar tartott attól, hogy ezzel akár egy nem katolikus kultuszminiszternek lehet döntő szava a jövőben a püspöki kinevezéseknél.

A szabadságharc mellett a katolikus főpapok 1848 decemberéig egy emberként kiálltak, küldöttségeket menesztettek a bécsi udvarba a császári csapatok Magyarországról való kivonását kérve. A püspöki kar egysége 1849 januárjában bomlott meg, egy hányada behódolt, másik hányada vagy passzív ellenállásba vonult, vagy ténylegesen ellenállt, mint például Horváth Mihály csanádi püspök. A katolikus alsópapság azonban mindvégig kitartott a szabadságharc ügye mellett, sőt követelték, hogy töröljék el a cölibátust, a világiakat vonják be az egyházközségi vagyonkezelésbe és a püspökválasztásba, valamint azt is, hogy az egyházmegyék irányításában részt kaphassanak a plébánosok, a káplánok és a tanítók. Ezekből az elképzelésekből azonban szintén nem lett semmi, nem kis részben azért, mert a püspökök elzárkóztak az efféle követelések elől.

A katolikusok papi szemináriumai és a protestáns lelkészképzők úgyszintén kiürültek a szabadságharc alatt, mert nemzetőrnek és honvédnek, a káplánok és plébánosok közül sokan pedig tábori lelkésznek álltak. A debreceni református püspök, Szoboszlai Papp István befogadta a magyar politikai vezetést a Nagytemplomba, ahol 1849. április 14-én kihirdették a Függetlenségi Nyilatkozatot és a Habsburg-ház trónfosztását.

Az evangélikus szlovák papság egy része viszont a szlovák nemzeti felkelés élére állt a magyarokkal szemben, Hurban és Hodzsa lelkészek vezetésével. Nyitra vármegyében 1848 szeptemberében volt ennek a csúcspontja, amelyet a magyar kormány rövidesen levert és statáriumot hirdetett ki velük szemben. Az akkori evangélikus vezetés négy püspöke – akik között három szlovák volt – viszont egyértelműen a magyarok mellett állt, mint ahogy az evangélikus gyülekezetek is.

Izraeliták szintén harcoltak a magyar honvédségben, a hitközségek pedig anyagilag támogatták a szabadságharcot, annak ellenére, hogy 1848 nyarán a Felvidéken pogromokat szerveztek. Többségük ugyanis belátta, hogy a magyar kormány szabadelvű politikája összességében kedvező volt számukra is, így el tudtak vonatkoztatni a csőcselék által kirobbantott üldözésektől, amelyeket a magyar kormány keményen megtorolt.

A világosi fegyverletétel után halálos ítéleteket is kiszabtak, amit többek közt Rázga Pál pozsonyi evangélikus lelkészen végrehajtottak, Horváth Mihály csanádi püspököt pedig, aki a Szemere-kormány vallás- és közoktatási minisztere volt, jelképesen akasztották fel. A szabadságharc leverése érzékenyen érintette az egyháziakat, öt katolikus püspök ellen indult eljárás, amelynek keretében áthelyezésekre, osztrák kolostorokba való internálásokra és lemondatásokra került sor. A protestáns püspökök kinevezését ezentúl császári engedélyhez kötötték, megszűntették a világiak részvételét az egyházkormányzatban.

Az evangélikus püspökök közül mind a négyet eltávolították, közülük három ellen eljárás is indult, melynek során ketten várbörtönbe kerültek. Haubner Máté és Pákh Mihály evangélikus püspökök fejenként mintegy két évet töltöttek fogságban. Mind a négy evangélikus püspök helyére lelkész végzettségű adminisztrátorokat állított az osztrák kormányzat. A református püspökök helyükön maradhattak, az egyházi autonómia megszüntetése azonban a református egyházat is sújtotta, a zsidó hitközségeknek pedig magas hadisarcot kellett fizetniük.